中药植物川牛膝基因组从头测序及分析

doi:10.13304/j.nykjdb.2015.528

中国农业科技导报 ›› 2016, Vol. 18 ›› Issue (3): 32-37.DOI: 10.13304/j.nykjdb.2015.528

中药植物川牛膝基因组从头测序及分析

闫燊1,池旭2,童凯1,李昭玲1,邓孟胜1,唐勇斌1,田孟良1*

1.四川农业大学农学院, 成都 611130|2.中国科学院植物研究所, 北京 100093

收稿日期:2015-09-06 出版日期:2016-06-15 发布日期:2016-02-23
通讯作者: 田孟良，教授，博士生导师。研究方向为药用植物遗传育种。E-mail:tianmengliang@hotmail.com
作者简介:闫燊|博士研究生|研究方向为药用植物生物信息学。E-mail:yanshen2953@163.com。
基金资助:
“十二五”国家科技支撑计划项目 (2011BAI13B02-7)资助。

De novo Sequencing and Analysis of Cyathula officinalis Kuan. a Chinese Traditional Medicine

YAN Shen1, CHI Xu2, TONG Kai1, LI Zhao-ling1, DENG Meng-sheng1, TANG Yong-bin1, TIAN Meng-liang1*

1.College of Agronomy, Sichuan Agricultural University, Chengdu 611130| 2.Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100093, China

Received:2015-09-06 Online:2016-06-15 Published:2016-02-23

摘要/Abstract

摘要： 川牛膝是我国重要大宗药材，但近年来品质退化严重，品种真伪混杂。为深入研究川牛膝有效成分积累的分子基础，采用第二代测序技术利用Illumina Hi-seq 2000测序平台对川牛膝进行全基因组测序，使用AByss进行初步组装，得到一个包含大量基因组序列信息的数据集，并对其进行重复序列及编码序列注释。在该测序结果基础上，初步预测得到川牛膝体内甾体合成途径，并对鉴定川牛膝真伪的SCAR分子标记进行了初步定位，为研究川牛膝主要有效成分杯苋甾酮的合成途径，改良川牛膝品质提供了基础。

关键词: 川牛膝, 从头测序, 基因注释, 杯苋甾酮, 分子标记

Abstract: Cyathula officinalis Kuan. is an important Chinese medicine. However, its quality has degraded significantly in the last few years, and its authenticity has been jeopardized by hybridization. To understand the accumulation of the effective components in C. officinalis, de novo next generation sequencing of C. officinalis's genome were performed using Illumina HiSeq 2000 platform using AByss. After de novo assembly of the data, a large data set composed of genomic sequences were obtained. Based on the dataset and annotation of its repetition and coding region, this paper constructed the steroid biosynthetic pathway in C. officinalis, and located the SCAR biomarkers to identify the genuineness of C. officinalis's authenticity. These results provided a foundation for the research of cyasterone biosynthetic pathway in C. officinalis, and further improvement of its quality.

Key words: Cyathula officinalis Kuan., de novo sequencing, gene annotation, cyasterone, biomaker

闫燊1,池旭2,童凯1,李昭玲1,邓孟胜1,唐勇斌1,田孟良1*. 中药植物川牛膝基因组从头测序及分析[J]. 中国农业科技导报, 2016, 18(3): 32-37.

YAN Shen1, CHI Xu2, TONG Kai1, LI Zhao-ling1, DENG Meng-sheng1, . De novo Sequencing and Analysis of Cyathula officinalis Kuan. a Chinese Traditional Medicine[J]. Journal of Agricultural Science and Technology, 2016, 18(3): 32-37.

[1]	许娜丽, 余慧霞, 姚明明, 王彦青, 李清峰, 刘彩霞, 孙刚, 陈佳静, 龙姣卉, 王掌军. 基于SSR和SRAP标记小麦资源遗传多样性及农艺性状分析[J]. 中国农业科技导报, 2023, 25(3): 30-46.
[2]	徐君, 李婷, 胡敏骏, 蒋玉根, 闫慧莉, 许文秀, 虞轶俊, 何振艳. 水稻籽粒镉积累KASP分子标记LCd-38的开发与利用[J]. 中国农业科技导报, 2022, 24(3): 40-47.
[3]	马小倩, 杨涛, 张全, 张洪亮. 水稻新型育种技术研究现状与展望[J]. 中国农业科技导报, 2022, 24(1): 24-30.
[4]	段敏1,谢留杰1,朱亚军2,黄善军1,潘晓飚1,徐建龙2,3. 盐胁迫下水稻幼苗存活率的QTL定位[J]. 中国农业科技导报, 2019, 21(9): 25-35.
[5]	李杨1,2,邹俊杰2,余佳2,徐宇2,3,徐妙云2,罗洪发1,王磊2. 玉米近等基因系群体的构建及其应用[J]. 中国农业科技导报, 2019, 21(12): 14-22.
[6]	赵越1,2,张石来2,胡建3,黄立钰4,张静2,. 利用分子标记辅助选择技术培育抗虫水稻品种的研究[J]. 中国农业科技导报, 2016, 18(3): 25-31.
[7]	陈秀华,于丽娟,罗黎明,陈洪梅,刘丽*. 玉米分子标记辅助育种及标记开发研究进展[J]. 中国农业科技导报, 2016, 18(1): 26-31.
[8]	曲梦楠1,2§,蒋炳军2§,刘薇2,毛婷婷2,马立明2,林抗雪2,韩天富1,2*. 大豆分子育种研究新进展[J]. , 2014, 16(3): 8-13.
[9]	康乐1,王海洋2*. 我国生物技术育种现状与发展趋势[J]. , 2014, 16(1): 16-23.
[10]	郭宏1,吕洋2,陈建兴2,3,李光鹏2*. 肉牛分子育种研究进展与展望[J]. , 2014, 16(1): 24-31.
[11]	丁广大1,2,杨美1,2,李兴美3,石磊1,2,徐芳森1,2. 甘蓝型油菜分子标记在重组自交系群体中的偏分离分析[J]. , 2012, 14(2): 56-61.
[12]	李进斌1,李鼎2,孙一丁2,张庆1,许明辉2. 利用SSR分子标记检测云南地方稻种抗稻瘟病基因Pi-ta2的研究[J]. , 2012, 14(1): 43-48.
[13]	侯思宇,张锐,张晓,郭三堆. 棉花细胞质雄性不育与育性恢复研究进展[J]. , 2010, 12(1): 1-7.
[14]	张小白1,昝林森1,2,王洪宝1,2,郝瑞杰1,杨彦杰1. 五个牛品种THRSP基因257C/G突变的遗传多态性研究[J]. , 2009, 11(5): 66-70.
[15]	杨秀芳1,孙启忠2. 2个不同类型尖叶胡枝子的微形态和分子标记鉴定[J]. , 2009, 11(1): 92-95.

中药植物川牛膝基因组从头测序及分析

De novo Sequencing and Analysis of Cyathula officinalis Kuan. a Chinese Traditional Medicine

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics